Las formaciones de «indios auxiliares» surgieron comúnmente de alianzas entabladas con los españoles, con el fin de prestar apoyo en sus avances y operaciones militares, durante la Conquista de América. Actuaban como guías, traductores o porteadores. La denominación era igualmente extensiva a las formaciones militares compuestas por los mismos indígenas, que solían cumplir funciones de exploración, guerrilla, cubrimiento de flancos y reserva de batalla. Los llamados indios auxiliares se mantuvieron activos, pasada la conquista, durante algunas sublevaciones, en zonas fronterizas y áreas de guerra permanente, como sucedió en Chile en la Guerra de Arauco y los indios amazónicos en Perú.

Ya en las islas del Caribe comenzaron muy pronto las alianzas. En la mayoría de ellas siempre hubo tribus que se aliaron con los españoles como la del cacique Guacanagarix en la isla de La Española y Agüeybaná y Caguax en la isla de San Juan Bautista (Puerto Rico).

En Puerto Rico, el cacique Agüeybaná recibió a Juan Ponce de León amablemente cuando éste desembarcó en 1508 con la intención de asentarse en la isla, recibimiento que imitaron otros muchos caciques. Luego, Agüeybaná auxilió a Ponce de León en sus exploraciones. Los sucesivos intercambios entre ambos jefes reflejaban una alianza pacífica entre los habitantes de la isla y los españoles.

Hernán Cortés fue uno de los primeros capitanes que destacaron por su habilidad para engrosar sus columnas con estos indígenas en particular los tlaxcaltecas (llegó a contar con 200.000 auxiliares en el asedio final de Tenochtitlan).

La expedición de Pedro de Alvarado a Guatemala (1523-1524) estaba integrada por solo 250 españoles y entre 5.000 y 6.000 indios auxiliares.

En el fallido intento de Aleixo Garcia de conquistar el Imperio inca marchando desde Santa Catalina iban cinco europeos, incluido él mismo, más 2.000 guaraníes reclutados en el área de Asunción del Paraguay.

En sus expediciones Sebastián de Belalcázar reunió 11.000 cañaris contra Rumiñahui (1534).

Durante el asedio del Cuzco (1536- 1537), Francisco Pizarro contaba con 190 españoles y 30.000 indígenas huancas, chankas, cañaris y chachapoyas.

La columna de Diego de Almagro que se internó en Chile en 1536 se desglosaba en casi 500 españoles, 100 negros y unos 10.000 a 15.000 auxiliares aportados por Paullu Inca. Aunque 2.000 a 10.000 indios y 170 caballos murieron en el viaje.

Gonzalo Jiménez de Quesada organizó en su campaña contra los panches a 50 españoles y 12.000 a 20.000 muiscas (1537).
En el caso de la conquista de Chile por Pedro de Valdivia, el grupo original que salió de Cuzco lo formaban 11 españoles y 1.000 indígenas en enero de 1540.

Gonzalo Pizarro y Francisco de Orellana al iniciar su exploración del río Amazonas desde Quito tenían 150 jinetes y 200 infantes españoles más 4.000 indios (1541).

Cuando Álvar Núñez Cabeza de Vaca y Domingo Martínez de Irala fueron gobernadores del Paraguay entre 1544 y 1546 las fuerzas españolas concentradas en Asunción sumaban 800 europeos y más de 2.000 aliados locales.

En 1550 una expedición de Irala a las sierras del Perú incluyó 400 españoles, 600 caballos y 4.000 indios. Fue un fracaso, muchos españoles, todos los caballos y 1.500 guaraníes murieron por las condiciones adversas y la hostilidad de los locales.

En la expedición de García Hurtado de Mendoza a Chile en 1557 se sumaban 600 españoles, 1.000 caballos y 4.000 auxiliares.19
En 1568 la expedición de Diego de Losada constituida por 300 españoles y 18.000 auxiliares derrotan a la confederación Caribe liderada por Guaicaipuro en la batalla de Maracapana librada en el valle de los caracas.

Durante su campaña contra los yaquis de Sonora (1609-1610) Diego Martínez de Hurdaide logró una alianza con los pimas y mayos logrando formar un ejército de 40 españoles y 2.000 a 4.000 indios.

La expedición de Francisco de Urdiñola contra los rebeldes xiximes en Durango (1610) la formaban 200 españoles y 1.100 indios auxiliares.